Checklist due diligence fiscale pour PME

Avant une cession, une due diligence fiscale sert à répondre à 4 questions simples : y a-t-il un risque, combien vaut-il, quelles pièces le prouvent, et comment le traiter dans le deal ?

Chez Strataure, nous ramenons ce travail à un contrôle direct sur les déclarations, les justificatifs, les contrôles passés et l’effet sur le prix ou la GAP. Pour une PME française, les points qui reviennent le plus sont l’IS, la TVA, la paie, les taxes locales, le CIR/CII et le FEC. Et certains écarts coûtent cher : sur la TVA, des majorations de 40 % à 80 % peuvent s’ajouter selon le manquement retenu.

En clair, vous devez pouvoir vérifier, dès l’ouverture de la data room :

• les liasses fiscales et le passage du résultat comptable au résultat fiscal ;
• le FEC, au bon format ;
• la TVA sur les 3 derniers exercices clos ;
• les DSN, le livre de paie et les attestations URSSAF ;
• les déficits reportables et les crédits d’impôt ;
• les taxes locales : CFE, reliquats de CVAE, taxe foncière, taxes sectorielles ;
• les contrôles fiscaux passés, en cours, et les échanges avec l’administration ;
• les provisions et les sujets hors bilan ;
• l’effet deal : ajustement de prix, séquestre, indemnité, ou retraitement d’EBITDA.

Le point à retenir : une checklist fiscale ne sert pas à faire un inventaire long. Elle sert à trier, chiffrer et mettre chaque sujet au bon endroit dans la négociation.

Nous résumons la lecture de l’article ainsi :

Bloc	Ce qu’il faut regarder	Ce que cela change
Conformité	IS, TVA, paie, taxes locales, FEC	Risque de redressement, pénalités, retard
Documentation	Conventions, dossiers CIR/CII, fiches de temps, DSN, échanges DGFiP	Force ou faiblesse du dossier
Historique	Contrôles, propositions de rectification, régularisations	Niveau de risque encore ouvert
Deal	Prix, séquestre, GAP, structure share deal / asset deal	Répartition du risque entre vendeur et acheteur

Pour vous, l’enjeu est simple : sortir d’une revue fiscale avec une liste courte de points chiffrés, documentés et traités avant le closing.

1. Checklist IS et taxes locales

Après le périmètre, il faut revenir aux fondamentaux : bases déclarées, soldes fiscaux et écarts de conformité. C’est souvent là que les premiers signaux apparaissent.

Vérifier les liasses fiscales et le résultat imposable

Commencez par rapprocher la liasse fiscale des comptes annuels. Puis passez en revue les retraitements extra-comptables qui pèsent le plus dans le résultat imposable, en particulier les provisions. Il faut aussi vérifier que le FEC (Fichier des Écritures Comptables) est bien disponible dans le format attendu par la DGFiP. En pratique, son absence ou sa non-conformité expose à des pénalités.

Même logique sur la DAS2. Contrôlez aussi l’existence d’une convention écrite pour les management fees, ainsi que la preuve d’une prestation réelle facturée à prix de marché. Sur ce point, une charge comptabilisée ne suffit pas. L’administration attend des pièces, un cadre contractuel et une logique économique claire.

Confirmer les attributs fiscaux et les points d'incertitude

Vérifiez les déficits reportables et reconstituez leur suivi exercice par exercice, avec renvoi à l’article 209 du CGI. Pour les crédits d’impôt, notamment le CIR ou le CII, il faut contrôler l’existence d’un dossier technique complet et de fiches de temps pour les chercheurs.

Il faut aussi isoler les zones de doute et les documenter sans détour : management fees sans convention, provisions pour risques mal étayées, ou justificatifs incomplets. Quand un ECF a été réalisé, il apporte un signal de fiabilité. Ce n’est pas une garantie absolue, mais c’est un point à prendre en compte dans l’analyse.

Examiner la CFE, les reliquats de CVAE et les taxes foncières

Une fois l’IS passé au crible, contrôlez les taxes locales. Elles paraissent parfois secondaires, mais elles révèlent souvent des écarts de base ou des oublis déclaratifs.

Pour la CFE, comparez les bases déclarées avec la surface réelle des locaux et la masse salariale. Pour la CVAE, sur les exercices encore ouverts, vérifiez le calcul de la valeur ajoutée et, le cas échéant, les répartitions entre entités d’un même groupe. C’est une source fréquente d’erreurs.

Taxe locale	Action de vérification	Signal d'alerte
CFE	Comparer les bases déclarées avec la surface réelle des locaux et la masse salariale	Écart entre la surface déclarée et la surface réelle
CVAE résiduelle	Contrôler le calcul de la valeur ajoutée et les seuils de groupe	Mauvaise répartition dans les structures multi-entités
Taxe foncière	Vérifier la classification industrielle ou commerciale des locaux, notamment la méthode d'évaluation retenue pour les sites industriels, fréquemment source de redressements	Reclassification entraînant une base taxable plus élevée
TASCOM / taxes sectorielles	Contrôler les seuils de surface pour le commerce de détail	Omission de déclaration lors d'une extension de surface

Ces vérifications servent ensuite à recouper la TVA, la paie et les taxes récurrentes.

Les écarts relevés ici permettent ensuite de croiser les constats avec la TVA, les charges sociales et les autres flux déclaratifs.

2. TVA, taxes sur les salaires et risques de conformité récurrents

Rapprocher le chiffre d'affaires, les achats et les déclarations de TVA

Après les taxes locales, il faut passer aux flux qui reviennent mois après mois et qui déclenchent le plus de redressements : la TVA, la paie et les cotisations.

Sur la TVA, le point de départ est simple : croiser les déclarations avec le FEC sur les trois derniers exercices clos. Ce rapprochement permet de repérer les écarts entre le chiffre d'affaires, les achats et la TVA déclarée. Il faut aussi vérifier les numéros de TVA intracommunautaire, puis contrôler la concordance entre VIES, DEB/DES et la TVA effectivement déclarée.

Les erreurs de taux doivent être corrigées sans attendre. Quand l'administration retient un manquement délibéré ou des manœuvres frauduleuses, les majorations peuvent aller de 40 % à 80 % (CGI, art. 1729). Dit autrement : une erreur mal traitée peut coûter bien plus que le montant de TVA en jeu.

Document	Utilité dans la due diligence TVA
FEC	Rapprocher écritures comptables et déclarations de TVA
DEB / DES	Déclarations sur les biens et services à faire correspondre aux déclarations de TVA
Certificats VIES	Preuve de la vérification de la validité du numéro de TVA intracommunautaire du client

Examiner les interfaces entre paie, charges sociales et fiscalité

Le même réflexe vaut pour la paie et les charges sociales : rapprocher, justifier, puis tester la cohérence d'ensemble.

Il faut rapprocher la DSN du livre de paie et des charges sociales. Les avantages en nature - véhicules, logement, outils numériques - doivent être documentés avec soin, car ils font souvent partie des points regardés par l'URSSAF. Même logique pour les notes de frais : sans justificatif, le risque de requalification en rémunération déguisée est bien réel.

Pour les dirigeants, il faut contrôler la cohérence entre la rémunération versée, le statut social retenu et les cotisations effectivement acquittées. Et pour les freelances, le sujet est clair : vérifier l'absence de lien de subordination. C'est souvent là que le dossier paraît propre en surface, puis se complique dès qu'on regarde les pièces.

3. Risques fiscaux historiques, contrôles et signaux d'alerte

Identifier les contrôles fiscaux passés et en cours

Une fois les écarts récurrents repérés, il faut vérifier s'ils ont déjà conduit à un contrôle ou à une régularisation. Le point de départ est simple : recenser les contrôles fiscaux, leurs dates, leur statut et les pièces remises. Cela vise notamment les vérifications de comptabilité, les demandes de renseignements, les propositions de rectification et les échanges de suivi.

Chez Strataure, nous le constatons souvent : un risque fiscal découvert trop tard ne reste pas un simple sujet fiscal. Il devient vite un sujet de prix, de garantie ou de condition suspensive.

Les contrôles passés servent aussi à classer les provisions et les passifs éventuels. Un contrôle ancien, mal soldé ou encore discuté avec l'administration n'a pas le même poids qu'un point déjà purgé.

Examiner les provisions, passifs éventuels et éléments hors bilan

Les provisions pour litiges fiscaux inscrites au bilan doivent reposer sur une note de position fiscale datée et signée. Sans ce document, l'acheteur peut contester leur traitement en les regardant comme des provisions non déductibles. Et là, l'effet est direct sur le calcul de la dette nette dans le SPA.

Il faut aussi passer au crible les éléments hors bilan. En pratique, certains postes reviennent souvent :

• garanties personnelles du dirigeant
• IFC non provisionnées
• litiges fiscaux
• CIR fragile

Ces sujets nourrissent très souvent les échanges sur la garantie d'actif et de passif (GAP) ou sur des indemnités ciblées. Pour le CIR, le point est assez clair : un dossier technique incomplet ou signé tardivement peut être traité comme un passif fiscal potentiel.

Signaux d'alerte concrets pour les PME françaises

Chaque signal ci-dessous peut peser sur la valorisation, les garanties ou le calendrier de closing :

• Flux intragroupe sans convention : des honoraires de management versés à une holding sans convention signée ni preuve de service rendu peuvent être requalifiés.
• Écarts TVA / facturation : des écarts entre la facturation, les encaissements et la TVA déclarée attirent tout de suite l'attention, surtout avec la montée de la facturation électronique.
• CIR incomplet : l'absence de fiches de temps des chercheurs ou de dossiers techniques envoie un signal net de risque de reprise.
• FEC indisponible au moment du contrôle : son absence ou sa non-conformité expose à des pénalités.

Dans les PME, le risque ne vient pas toujours d'un seul gros sujet. Parfois, ce sont plusieurs petits écarts qui finissent par faire monter la note. C'est le genre de détail qui change le ton d'une discussion de due diligence en quelques jours.

Une régularisation avant contrôle permet souvent de réduire les pénalités de retard.

Chaque écart doit être qualifié, chiffré et repris dans les garanties, le prix ou les disclosures. Les risques repérés doivent être traduits sans attendre en demandes de pièces, en disclosures et en ajustements de prix.

4. Impact sur la transaction et checklist de la data room fiscale

Une fois les risques qualifiés, il faut les convertir en leviers de négociation.

Préparer la data room fiscale dans un format exploitable par l'acheteur

L'objectif est simple : permettre à l'acheteur de lire le dossier sans perdre du temps sur des allers-retours inutiles. En pratique, nous conseillons de classer les pièces par taxe et par exercice. Ce rangement accélère les questions, limite les zones grises et rend l'analyse plus sûre.

Les documents à réunir, en lien avec les trois axes de l'article - conformité, documentation et impact transactionnel - sont les suivants :

• Liasses fiscales et déclarations d'IS
• FEC
• Registre des immobilisations
• DSN et livre de paie
• Correspondances avec l'administration fiscale
• Justificatifs de CIR
• Mémos de position fiscale pour chaque risque identifié

Traduire les constats fiscaux en prix, structure et garanties

Un point fiscal ne doit pas rester au stade du simple constat. Il faut le rattacher à un effet concret sur le prix, le séquestre ou les garanties. C'est là que beaucoup de transactions se jouent : un même sujet peut peser sur la dette nette, sur l'EBITDA ou sur la mécanique de garantie.

Type de constat fiscal	Impact sur la transaction	Traitement
Risque probable	Ajustement de prix / dette nette	Déduire du prix
Point incertain	Séquestre / indemnité spécifique	Bloquer pendant le délai de prescription
Non-conformité structurelle	Retraitement de l'EBITDA	Ajuster le multiple à la baisse
Actifs fiscaux différés	Majoration de prix potentielle	Ajuster à la hausse si déficits utilisables post-closing

La structure juridique de la cession - share deal ou asset deal - modifie aussi l'exposition fiscale de chaque partie. Et ce n'est pas un détail. Sur nos mandats, ce choix a souvent un effet direct sur la répartition du risque et sur la valeur perçue par l'acheteur.

Critère	Share deal	Asset deal
Passifs hérités	L'acheteur hérite des passifs fiscaux passés	L'acheteur repart sur une base nette
Déficits	Conservables sous conditions strictes	Restent chez le vendeur
Droits	0,1 % pour SA/SAS ; 3 % pour SARL après abattement de 23 000 € (CGI, art. 726)	Jusqu'à 5 % sur la fraction dépassant 200 000 € (CGI, art. 719)
Amortissement des actifs	Pas de réévaluation fiscale immédiate	L'acheteur peut amortir le prix d'acquisition

Coordonner le volet fiscal sans perturber l'activité

Le volet fiscal ne peut pas être traité en silo. Il doit rester coordonné avec les volets financier et juridique, avec un pilotage centralisé. Chez Strataure, nous voyons souvent la même difficulté : quand les échanges partent dans plusieurs directions, le calendrier se tend et le niveau de garantie devient plus dur à tenir.

L'enjeu est donc de garder une ligne claire, avec des arbitrages rapides, sans désorganiser l'activité de l'entreprise pendant la transaction.

Conclusion : une checklist fiscale concise pour réduire le risque d'exécution

À la fin de la checklist, le dossier doit se lire d'un seul tenant, sans détour. Une due diligence fiscale utile repose sur quatre points : conformité, risques, impact, data room.

Une fois cette trame en place, le point sensible devient la documentation des risques. Chaque risque doit être documenté avant l'ouverture de la data room : pièce, analyse, chiffrage, traitement.

L'objectif final n'est pas seulement de constater un point. Il faut rendre chaque sujet utilisable en négociation. Chez Strataure, nous appuyons chaque position sur le BOFiP et la DGFiP, nous horodatons les pièces, et nous marquons À VÉRIFIER tout point lié à un audit, à une réforme ou à un seuil qui évolue. Tout point non stabilisé doit rester signalé jusqu'au closing.

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30 juin 2026 - tout chiffre non confirmé ou réforme en cours doit être marqué À VÉRIFIER.

FAQs

Quand lancer la due diligence fiscale ?

Cela dépend de votre place dans l’opération.

Côté acquéreur, la due diligence fiscale intervient en général après la signature de la lettre d’intention (LOI) et avant l’acte de cession définitif. L’objectif est simple : sécuriser le prix et encadrer les garanties de passif. En clair, c’est le moment où l’on vérifie ce qui peut peser sur la transaction avant de signer pour de bon.

Côté cédant, mieux vaut s’y prendre plus tôt. Chez Strataure, nous recommandons d’anticiper avec une Vendor Due Diligence (VDD) fiscale, idéalement 3 à 6 mois avant l’ouverture du processus. Cette avance laisse le temps d’identifier les sujets fiscaux, de corriger ce qui peut l’être et d’aborder les échanges avec les acquéreurs dans de meilleures conditions.

Quels risques fiscaux bloquent le plus souvent un closing ?

Les risques fiscaux qui bloquent le plus souvent un closing sont ceux qui font apparaître des passifs cachés ou des écarts difficiles à justifier. En pratique, les points qui reviennent le plus sont les suivants : des redressements fiscaux en cours non provisionnés, des écarts de TVA sans explication claire, des contentieux fiscaux non clôturés, des crédits d’impôt mal documentés ou surestimés, ainsi qu’une absence de documentation sur les prix de transfert intra-groupe.

Quand ces sujets sortent en due diligence, le deal se tend vite. Dans nos mandats chez Strataure, ils mènent le plus souvent à une renégociation du prix, à une mise sous séquestre, ou à la mise en place d’une garantie de passif ciblée sur le risque fiscal identifié.

Comment prioriser les pièces à mettre en data room ?

Priorisez les pièces qui sécurisent la transaction et soutiennent le prix de vente. L’idée est simple : donner au repreneur une lecture nette du dossier, sans le noyer sous des documents secondaires. Le plus efficace reste un classement par thème : fiscal, financier, juridique et social.

Pour le volet fiscal, placez en tête les liasses fiscales des trois à cinq derniers exercices, les déclarations de TVA et d’IS, ainsi que l’historique des contrôles et des contentieux. Ajoutez aussi les positions fiscales incertaines, les provisions et les crédits d’impôt. Ce point pèse souvent lourd : s’il manque une pièce, ou si une zone grise apparaît, l’acheteur risque de demander plus de garanties… ou de revoir son offre à la baisse.